对于肛肠科手术其切口平均愈合时间大约15天。复杂的肛瘘一般不超过40天。也就是说，肛瘘手术恢复时间在40天内都能够愈合。如果没有愈合，就需要进一步查找伤口不愈合的原因。
最常见引起肛瘘不愈合的原因主要有以下因素：1，伤口引流不畅：是造成伤口愈合缓慢的主要原因。比如在进行肛瘘手术中，为了减少正常组织过多被损伤，常常采用很小的切口进行，肛瘘切开由于创面不能充分暴露，可导致引流不畅，从而影响伤口的愈合。2，异物刺激：如果术中不慎遗留的棉球纤维、纱线及结扎缝合线被包埋在组织中，由于异物的刺激，会使创面产生炎症反应分泌物增多，导致伤口不愈合。3，创面肉芽组织生长不良，主要是由于感染或者异物刺激创面肉芽组织生长过快，对于这些过度增生的肉芽组织，如果未能及时清除，那么就会影响正常肉芽组织的生长。4，假性愈合和盲腔存在：由于肛瘘其切口较深或较窄，术后换药不仔细或者不及时。创面皮肤愈合较快，可出现伤口皮肤假性愈合。如果假性愈合形成后不能进行彻底切开，由于盲腔的存在，那么感染灶会持续刺激伤口，从而引起愈合缓慢。5，熏洗不当：由于熏洗伤口过勤或者不正确，会使伤口内肉芽组织水肿，过度增生，影响伤口的愈合。6，全身因素：年老体弱、营养不良及患有慢性全身消耗性疾病，比如糖尿病、溃疡性结肠炎、血液病等也会影响切口的愈合。