目前临床上尚无特效药物治疗流行性乙型脑炎，主要是积极地采取对症和支持治疗改善患者的症状。
在流行性乙型脑炎急性发病期，对于高热的患者采用药物进行退热和降温处理，有颅内压增高的患者可以给予降低颅内压的药物。如果因呼吸道分泌物堵塞、呼吸困难致脑缺氧的患者，则应保持呼吸道通畅，必要时可以行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸等措施。
对于重症流行性乙型脑炎的患者，可以给予糖皮质激素，短期的应用具有抗炎、退热、降低毛细血管通透性的作用。也可以考虑静脉输注丙种球蛋白，以增强机体的抗感染力和免疫调节功能。