脑炎在急性期积极治疗后，大多数患者可以治愈。但部分脑炎患者仍有不同程度的肢体运动障碍、智力发育障碍、语言能力丧失、吞咽困难等后遗症，需要长时间的调养才能好转和康复。
这是因为脑炎是由脑实质中病原体侵入引起的炎症变化，大多数原因是病毒感染，也可能由细菌、寄生虫和其他感染引起。早期及时地定期康复治疗可以提高儿童的智力、运动和言语发育水平，纠正儿童的异常姿势和肌肉紧张，改善预后。
最终避免或减少残疾程度，使儿童能够恢复正常的生活活动，最大程度地回归社会。