生殖器发育不良有子宫的发育不良、卵巢的发育不良，这两者的发育不良都可以引起闭经。子宫发育不良也称为幼稚的子宫，子宫发育不良是因为在胚胎期发育过程中，中肾管会合以后短时间久停止发育导致的。子宫发育不良，但卵巢的功能是正常的，它有排卵，因子宫发育不良，子宫内膜没有功能，如果从没有月经的来潮，或者予以雌激素治疗20天后，仍没有月经的来潮的话，就属于永久性闭经。
子宫内膜不会出现增殖期改变，婚后就不会有生育功能，对于有少量月经来潮的女性出现闭经，可以予以小剂量的雌激素治疗3到6个月，促进子宫内膜的增生及子宫的生长，部分还是可以达到生育的。对于卵巢发育不良的就会影响卵巢的功能，导致无正常的卵巢功能，从而就会闭经，一般这种就需要予以激素替代的治疗。