有些严重的结肠炎经保守治疗失败，或者有比较大的恶性倾向时，需要进行手术治疗。
根据病因的不同结肠炎可分为感染性结肠炎、炎症性结肠炎以及特殊类型的结肠炎。感染性的结肠炎通常是由于病毒、细菌等病原微生物入侵引起的肠道感染，及时进行抗感染以及对症治疗后，绝大多数都可痊愈。溃疡性的结肠炎病程长，症状好转后容易反复发作，病变的肠壁有发生恶变的几率。
如果病情长时间无好转，可以进行手术治疗，防止饿恶变的发生以及减轻临床症状。部分严重的放射性的结肠炎，治疗困难，迁延不愈，需要进行手术治疗。