男性晚上睡觉醒来勃起属于一种正常的生理现象，但如果勃起时间过长或者有疼痛感，则可能阴茎存在病变。
1.正常生理现象。男性晚上睡觉醒来勃起是一种无意识的阴茎勃起，正常男性晚上发生自然勃起现象3~6次，因为男性体内分泌性激素，从而使生殖器官部位出现充血的情况，最终表现出阴茎勃起的症状。
2.阴茎存在病变。如果男性睡觉醒来勃起时间太长或存在疼痛感，则存在阴茎存在异常病变，比如尿路感染、包皮龟头炎等疾病。建议患者经常出现勃起时疼痛的症状，应及时到医院进行检查，到专业医生的指导下对症治疗。