慢性华支睾吸虫病的鉴别诊断主要有以下几种：
1.姜片吸虫病。姜片吸虫病主要是由于寄生在小肠中的姜片吸虫所引起，粪便检查中发现姜片吸虫便可确诊。
2.华支睾吸虫病会引发胆管炎、胆囊炎，需要和胆石症以及合并了细菌感染所造成的胆囊炎进行鉴别，虽然临床表现差不多，但是如果粪便中发现华支睾吸虫的虫卵就可以确诊。
3.肝癌。患者肝区疼痛比较明显，并有体重减轻等症状，可以结合CT、相关病史、实验室检查以及肝脏病理组织检查进行鉴别。
4.与单纯性消化不良相鉴别。虽然单纯性的消化不良与华支睾吸虫病都会有食欲不佳、腹部不适、腹泻等症状，但是单纯性的消化不良在粪便中不会检测出华支睾吸虫病的虫卵，也无嗜酸性粒细胞增高。