慢性骨髓炎患者有可能发展成骨癌，但是这种情况非常罕见。
对于慢性骨髓炎特别是窦道经久不愈者，由于长期炎症刺激，很容易引起窦道周围皮肤及软组织的恶性病变，最常见于鳞状细胞癌。如果鳞状细胞癌继续扩散侵袭骨组织，有可能导致骨癌的出现。
大多数慢性骨髓炎患者在经历过急性感染期后会转为慢性期，随着机体抵抗力的增加，窦道口会逐渐的愈合，伤口内部细菌处于静止状态。
而且部分患者由于免疫力差、细菌毒力强，窦道会持续存在，感染在不断加重，常常导致窦道的迁延不愈。而反复的炎症刺激是导致鳞状皮肤癌的一个诱因。