隐孢子虫病在临床上属于一种感染性疾病，主要是由于感染了微小孢子虫所导致，为了明确诊断，需要做的常规检查主要有病原体检查，如果查到了孢子虫的卵囊就可以确诊。还可以做便常规镜检，通常可以发现脓细胞和白细胞。另外还可以做免疫学检查，主要采取的是酶联免疫吸附试验。
隐孢子虫病的治疗常用的药物有阿奇霉素、克林霉素、螺旋霉素等，其中螺旋霉素可用于治疗重症感染的患者，能够减轻腹泻症状。
另外也要积极的对患者进行支持治疗，如果患者因频繁的腹泻导致了电解质紊乱，要及时给予纠正，免疫力低下的患者要给予营养支持治疗，同时本病发作期不要食用乳糖较多以及脂肪含量较多的食物，防止加重病情。