男性射精困难，其原因在于调控射精的神经功能紊乱，或者帮助射精、参与射精的肌肉功能障碍。
如果只是射精困难，在性生活状态下不能射精，在手淫等刺激下能射精，就属于功能性不射精，这是不射精里面较轻的一种类型。
如果存在腰骶部外伤、糖尿病周围神经病变等，容易导致射精反射弧不完整或功能紊乱，或射精低级中枢损伤，这就容易出现射精困难的表现。
也有一部分射精困难的男性因为长期的焦虑、抑郁的心理，大脑神经射精中枢长期处于抑制状态，这样也会导致射精困难。