对于小于5cm的肾囊肿，一般无明显的临床症状，一般不需要治疗，当囊肿大于5cm，且有临床症状时，如血尿时需要手术治疗，进行手术治疗。传统的开放手术，虽然囊肿切除彻底，但手术切口大、术后恢复慢、危险性高、住院时间长，现在已不被临床医生及患者所采纳。
随着腹腔镜技术的发展，现在腹腔镜肾囊肿切除术和后腹腔镜肾囊肿去顶减压术已经完全代替了传统的开放肾囊肿切除术等治疗方法，成为治疗肾囊肿最佳治疗方法，也成为了泌尿外科医师行腹腔镜手术治疗的入门手术，具有创伤小，术后恢复快，住院时间短等优点。也有一部分患者可以选择更为简单的经皮肾囊肿穿刺抽液硬化治疗，但是这个方法可能复发率相对会高。