当偏头痛患者出现头痛发作频率增多程度加重或是出现了急性期药物治疗的副作用，以及急性期药物治疗疗效降低等情况时，应该进行药物预防性治疗。药物预防治疗的目的是减少患者头痛发作的次数，减轻头痛的程度，最终的目的是使症状得到长期缓解，以便不复发。
预防性治疗适用于：
①频繁发作，尤其是每周发作1次以上严重影响日常生活和工作的患者；
②急性期治疗无效，或因副作用和禁忌证无法进行急性期治疗者；
③可能导致永久性神经功能缺损的特殊变异型偏头痛，如偏瘫性偏头痛、基底型偏头痛或偏头痛性梗死等。预防性药物需每日服用，用药后至少2-3周才能见效。若有效应持续服用6个月，随后逐渐减量到停药。
临床用于偏头痛预防的药物包括四类：
①β肾上腺素能受体阻滞剂，如普萘洛尔、美托洛尔；
②钙离子拮抗剂，如氟桂利嗪、维拉帕米；
③抗癫痫药，如丙戊酸、托吡酯；
④抗抑郁药，如阿米替林、氟西汀。预防性治疗的药物应该从小剂量开始，逐渐加量，一旦达到有效剂量，通常要维持4-6个月，然后逐渐减量。如果患者达到维持剂量4周以后症状没有改善，可以换用其它的预防性药物。