对于巧克力囊肿的女性还是有怀孕可能性，尤其是有些巧克力囊肿比较小的女性，往往都能够正常的自然的受孕，不需要做特殊的处理治疗。
而且在怀孕以后还会因为怀孕抑制巧克力囊肿的发展，甚至可能会导致巧克力囊肿自然萎缩、变小；如果在生产分娩以后继续进行母乳喂养，就可能会导致巧克力囊肿出现自愈的现象。
只是对于巧克力囊肿太大的女性可能没办法自然怀孕，而需要做手术先将巧克力囊肿切除，然后再考虑备孕问题，有可能为了避免复发手术以后还需要采取一段时间的药物调理。