肺脓肿痰液颜色与感染的病原菌有关，比较常见的痰颜色为黄脓痰、黄绿色痰、黑臭痰，大多数肺脓肿合并有厌氧菌感染也有单独厌氧菌致病，还包括金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、肺炎克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、流感嗜血杆菌等。
铜绿引起的感染痰颜色为黄绿色痰，其他的为黄脓痰较多见，合并厌氧菌感染者痰颜色发黑并伴有坏死物质，为脓臭痰并且伴有异味，也有约三分之一的患者会有不同程度的咯血，可为暗红色痰。