有上气道咳嗽综合征的时候，一定要完善相应的检查，明确其病变的部位，以及病变的程度，再针对其病因予以对症的处理，才能有效的缓解患者的咳嗽等临床症状。例如常规行咽喉部的检查、鼻窦CT，甚是鼻咽镜等检查。
对于鼻炎或过敏性鼻炎导致的上气道综合征，此时多项予以吸入性的糖皮质激素，配合白三烯调节剂、孟鲁司特钠的治疗。有时还可以选用抗组胺的药物，例如酮替芬或西替利嗪等处理。咳嗽明显的患者可以加用复方甲氧那明胶囊，复方甘草片等止咳。
对于由急性扁桃体炎引起的患者，还需要选用相应的抗生素的抗感染治疗。对于细菌性鼻窦炎，亦须要予以鼻腔的局部冲洗、手术，以及抗炎等综合的治疗。有上气道咳嗽综合征时，通过对其病因的治疗，才能更好的缓解其咳嗽。