脓肾切除的过程中有一定的风险，风险的大小受很多因素的影响，比如肾脏炎症的严重程度、患者的年龄、身体素质以及有无伴发其他的疾病等。
肾脏周围神经血管较多，发生脓肾后，肾脏出现了严重的水肿，也会导致周围的组织出现肿胀，在手术过程中有可能对神经血管造成损伤，有发生大出血的风险。
如果患者是高龄患者，患有多种慢性的疾病，也会导致手术的风险明显增加。手术之前一定要做好充分的准备，有原发疾病的一定要将原有病情控制稳定。