确诊多囊性肾病主要是通过患者的家族史、临床表现、影像学检查和分子遗传学检查。通常60%的多囊性肾病患者有明确的家族史，临床表现方面患者往往会出现多囊肝、肾功能不全、心脏瓣膜异常、胰腺囊肿，甚至会出现脑动脉瘤。
超声是影像学检查的首选的诊断方法，通常可以发现肾脏体积明显增大，肾内有多个大小不等的囊肿，还会发现肾实质回声增强。
分子诊断目前应用比较广泛，主要是用于产前诊断，以及没有明确多囊肾家族病史，但是患者的囊肿性疾病无法明确诊断，可以用分子基因诊断技术来诊断多囊肾病。