软下疳和毛囊炎的区别在于发病的原因以及临床表现上。
从发病原因角度考虑，软下疳本身是一种性传播疾病，是由于杜克雷嗜血杆菌感染之后导致的；而毛囊炎则是由于毛囊内部滋生了一些厌氧菌而引发，没有传染性。
而从临床症状角度考虑，软下疳是一种伴有疼痛的溃疡，腹股沟部位会出现肿大；而毛囊炎则可以出现在全身，以毛囊状排列的炎性丘疹为主，外观可以呈现红色。
在治疗方面也会有一定的不同。这种情况则需要依据做细菌培养加药敏试验，来决定应用哪一种抗生素。