脊索瘤和鼻咽癌的区别是发生部位、癌变细胞种类和症状不同。
鼻咽癌是鼻咽部位的黏膜组织在病毒感染、射线照射，或者长期慢性炎症刺激时候，组织细胞发生异常生长癌变形成的恶性肿瘤。鼻咽癌发生于鼻咽部位，临床上多以鼻咽部疼痛、溃烂、流血为主要症状，严重时会有肿瘤生长堵塞呼吸道的症状。治疗方面就是手术配合放、化疗治疗等综合治疗方式。
脊索瘤则是发育时候残留先天的胚胎脊索组织生长而成的，多是发生于颅底或者脊髓内，为生长缓慢的良性病变。但是，以恶性生长方式侵袭局部的骨质，晚期会有头痛或者是偏瘫、大小便失禁等症状。治疗以手术辅助放射治疗为主。
所以，两种疾病有很多不同，容易区别。