外生骨疣和腱鞘囊肿有以下的区别：
首先，这两种疾病的性质是不同的。外生骨疣所生长出的肿物是非常坚硬的，而且其本质是骨性的肿物，是属于骨肿瘤的一种。但腱鞘囊肿则明显不是，腱鞘囊肿的本质是一种囊性的肿物，在囊内所容纳的是囊液，是类似果冻状的囊液，而且囊壁是软组织性的，所以这两种肿物的性质是截然不同的。
其次，外生骨疣一般容易生长在肢体的远端，尤其是干骺端，包括股骨远端和胫骨近端等位置。而腱鞘囊肿通常发生在腱鞘的部位，尤其是手腕或者是手指等部位。