脑炎抗病毒治疗的药物主要包括阿昔洛韦和更昔洛韦，适用于急性期的治疗。同时要给予脑保护治疗，常用的药物有奥拉西坦、吡拉西坦和胞磷胆碱。
有颅内压增高时，应进行脱水降压治疗。出现意识障碍时，要给予醒脑治疗。患者可能会出现发热，如果体温超过38.5℃，可以进行退热治疗，可以考虑物理降温，也可以应用一些退热的药物。常用的药物有赖氨匹林注射液以及柴胡注射液和氨基比林注射液等。
患者如果是细菌性的脑炎，也可以应用一些抗菌的药物来进行治疗。