巧克力囊肿有些会引起肚子疼，而且经常是在来月经的时候会出现明显的疼痛。疼痛多位于下腹部，腰骶部以及盆腔中部，有的时候会放射至会阴部，肛门以及大腿，疼痛的严重程度与病灶大小不一定成正比例关系。
有些巧克力囊肿会逐渐增大，甚至会发生自发性破裂，导致盆腔的重度粘连，有些会形成盆腔的腹膜刺激症状，所以也会导致明显的肚子疼。但是也有一些巧克力囊肿，不会出现肚子疼，比如一些粘连特别严重的巧克力囊肿，因为特别固定，反而没有肚子痛。
所以是否有肚子疼，并不是巧克力囊肿诊断的必须症状，很多巧克力囊肿会引起月经异常，性交不适以及不孕和宫外孕，但是有些会有肚子疼，有些并不会。