阴茎延长手术的风险相对较小，由于手术操作范围较为局限，但是由于阴茎部位的血管分布多，容易发生出血、血肿，术后护理不好还容易导致切口感染。
常见的后遗症是影响性功能、海绵体供血不足而勃起硬度不足，还有可能导致勃起困难、严重影响性交，对个体的身心造成不同程度的影响。
为了降低手术风险以及术后的并发症，需要在术前全面检查，严格把握手术的适应症，排查手术禁忌症，临床专业方法测量阴茎尺度，只要在正常尺寸范围内，不首要考虑做阴茎延长手术处理。