引起晨咳的原因很多，首先要考虑咽喉炎。
咽喉炎夜间分泌很多痰液或分泌物，睡眠可以暂时储存在咽喉部或呼吸道，当晨起后因为刺激气道反射性将痰液排出引起咳嗽。这种情况应该去医院耳鼻喉科检查确定诊断，给予清咽利喉治疗，如咽炎片、六神丸、西瓜霜含片等。
另外，还有就是过敏性咳嗽，由于晨起后气温变化导致气道高反应，引起咳嗽，常为干咳。这种情况可以服用抗过敏药物治疗，如氯雷他定、盐酸西替利嗪片、马来酸氯苯那敏等。