肛瘘手术后大约需要40天左右，创面才能完全愈合。营养差以及糖尿病患者康复的时间可能要稍微延长一些。
肛瘘是由内溃口、外溃口以及皮下瘘管三部分组成的。可以引起肛门反复的肿痛、破溃、流脓等临床症状。肛瘘发病后，任何的保守治疗措施，只可以缓解症状，而无法根治，手术是唯一可以治愈的治疗措施。手术通常采取下半身的麻醉，术中将内外溃口和皮下瘘管完整切除。高位的肛瘘，还需要行挂线治疗，最大限度的保留肛门直肠环的功能完整。
肛瘘术后切口不能缝合，因此恢复时间较长。大约需要40天左右，才能完全愈合。