怀孕40天孕酮低，要检查胚胎发育情况是否正常，如果胚胎发育良好，可以在医生指导下服用药物或是肌注补充孕酮，并且在用药之后需再次复查孕酮值和血HCG情况，以了解胚胎发育是否正常。
如果孕酮值仍然低需要继续用药，孕酮低一定要注意卧床休息，严禁同房和劳累，并且要保持良好的心态，避免情绪过于紧张。
在饮食方面可以多吃豆制品、花生酱、牛奶，鱼等食物，不能吃辛辣食物和生冷饮食，还需多吃青菜和水果预防便秘的发生，孕早期注意补充叶酸，避免接触有害物质和有辐射性的检查。