首先通过询问病史初步判定，急性肛窦炎患者的症状主要是肛门内有灼热感及里急后重感，有时还有异物感，严重的大多伴有疼痛，在排便的时疼痛加重，可牵涉到会阴部及骶尾部，慢性肛窦炎的时候，病人仅在排便后，肛门偶尔有轻微隐痛或不适。
其次通过查体可以明确肛窦炎的诊断，肛门指检时，齿状线附近可触及凹陷，触痛明显。
肛门镜检查时，可见肛窦充血、水肿，且有压痛或急性感染期时可见有脓性分泌物从窦口流出。如果感染较重形成了脓肿，在B超下可看见脓腔。