体外碎石主要通过电磁波的能量使输尿管中的结石变小，从尿道排出体外，治疗时会对身体产生一定的危害。
1.局部软组织损伤，由于电磁波的能量聚集，对局部组织，尤其是肾脏周围的被膜造成损害，可能会出现被膜下出血。主要表现为患者碎完石后，无任何不适症状，之后突然晕厥，血压迅速下降，出现休克症状，危及生命。另外肾实质损严重者会出现肾衰竭。
2.碎石后在输尿管狭窄处形成小的结石阻塞尿道，造成排困难。
3.部分碎石患者出现发热症状，由于碎石引起周围组织炎症，然后刺激机体产生发热。
4.引起输尿管水肿、疼痛，诱发输尿管炎，及时应用抗炎药物预防感染。