肾囊肿一种良性的泌尿系统疾病，预后很好，很少会发展成尿毒症，所以肾囊肿对于人体的危害并不大，而且很多肾囊肿没有明显症状，多是因为在做其它的体检或者住院的过程中被发现。
虽然肾囊肿对人的危害并不大，但是还是要定期进行肾囊肿的监测，一旦肾囊肿长大以后，患者会出现腰酸、腰痛、腹部不适，对于有肾囊肿的患者也要尽量的避免腹部挤压或者撞击，因为肾囊肿可以破裂引起出血，导致患者出现急性腰痛、血尿，甚至会出现发烧。
在少数情况下，较大的肾囊肿如果是位于肾下极并且紧紧贴在输尿管时，也可以加重肾积水，导致患者出现尿路感染，在极少数的情况下，良性的肾囊肿也可以癌变。