隐匿性阴茎是由于先天发育异常所导致，以肥胖患者多见，隐匿性阴茎形成的原因有三种：
第一，阴茎皮肤发育不良、过短。
第二，包皮腔过小。
第三，阴茎皮肤没有包着阴茎海绵体，导致阴茎海绵体没有支撑而回缩体内。
如果患儿阴茎畸形严重，会导致尿道卷曲，尿路不畅，严重者发生尿潴留。隐匿性阴茎如果不做手术，长期隐匿，不能外伸，阴茎体发育就会受到限制，患儿成年后会导致性功能障碍，心理和生理障 碍。因此，隐匿性阴茎需要在一定年龄内给予矫治，如果合并有尿路畸形，尿潴留，以及泌尿系感染，更应及时治疗一并给予矫正