微创肾结石手术对肾脏会有一些影响，但和以前的传统手术相比，影响是比较小，尤其是目前临床上所采用的微创手术，对肾脏的影响是微乎其微。
微创手术主要包括经皮肾镜取石手术和输尿管软镜及硬镜碎石，经皮肾镜取石手术，需要在腰背部打一个小孔，通过小孔穿过肾脏可进入到肾盂，由肾镜监视找到结石并击碎，部分患者可能会出现肾皮质损伤、出血，使肾小球受损，但损伤是比较小的，不会对肾功能造成影响。
输尿管软镜及硬镜碎石，主要是通过自然腔道将结石粉碎取出，对肾脏几乎没有影响。