导致后牙反合的原因常见的主要有两种，一种是乳牙过早的缺失或者迟迟不脱落，另一种是上颌牙弓发育不良。
当患者的乳牙过早的缺失后，就很容易会造成上颌与下颌后方牙齿出现错位的情况，进而可能会出现后牙反合的现象。另外，如果患者的乳牙久久不脱落，就会很容易导致后牙区的牙齿发生拥挤，进而会导致某些牙齿发生舌侧移位，引发后牙反合。
而上牙弓发育不良，会导致牙弓的宽度变窄，由此会造成两侧的牙齿出现后牙反合的情况。