肛周脓肿初期以吃抗生素为主，因为肛周脓肿属于化脓感染性疾病，而且细菌大多来源于肠道，所以感染大多为多种细菌的混合性感染，主要以革兰氏阴性杆菌和厌氧菌为主。
所以初期的肛周脓肿患者可以口服左氧氟沙星和甲硝唑，必要时也可以静脉使用上述药物，抗炎效果会更好。
但需要注意的是，肛周脓肿通过使用药物，仅能控制暂时的肿痛症状，通过使用药物也可以使局部组织的炎症反应消除，但症状完全消失并不代表肛周脓肿已经治愈，后期还会再次出现感染而复发，最终需要手术治疗。