临床上，目前并没有针对气管腺样囊性癌的分子靶向治疗药物，所以患有该疾病的主要治疗方法目前还是依靠手术以及放疗。
对于气管腺样囊性癌的靶向药物，目前尚处于研究之中，并不是很成熟，所以并没有在临床应用。建议患者患有气管腺样囊性癌后，在早期应当首选手术的方式将其切除，术后辅以放疗等一些治疗方法，预后通常比较不错。
如果已经处于中晚期的患者，也可以通过放射疗法来控制疾病的发展，同时服用一些中药来减少放疗带来的副作用，提高身体体质，增强抗病能力，延长生存时间。