输精管堵塞的原因分为先天性的因素和后天性的因素。
先天性的因素主要是因为先天发育异常，也就是输精管管道发育出现异常，从而引起输精管堵塞，这种情况需要进行手术治疗。
后天性的因素通常是因为生殖系统感染，比如睾丸炎、附睾炎、精囊炎等邻近器官发生了炎症，致病菌继续蔓延到输精管反复刺激输精管壁，引起输精管逐渐增厚变得狭窄最后形成梗阻，导致精液无法正常从输精管排出。此种情况需要给予抗生素足疗程规范治疗，促进炎症吸收，输精管管壁逐渐变薄，使输精管排精通畅。