慢性结肠炎可以通过药物治疗或者手术治疗。
慢性结肠炎首先可以采取药物保守治疗，可以应用氨基水杨酸制剂，常用的药物有柳氮磺胺吡啶、美沙拉嗪、奥沙拉嗪等药物。同时要配合糖皮质激素，通常用于对应用氨基水杨酸制剂，效果不佳时，可以结合用此药。必要时也可应用免疫抑制剂，同时结合肠道益生菌调理，肠道内的微生态环境。
如果出现有肠穿孔、大出血，经过上述的内科治疗无效的，及时纠正酸碱平衡，对症营养支持治疗，再做手术。