龟头炎的治疗往往需要内外同时治疗，即在应用抗生素抗感染治疗的同时，还需要应用一些外部的药物治疗。抗生素的选择需要根据导致龟头炎的病原体来选择；外用药物，主要包括一些龟头清洗液及局部应用的软膏。
常用1：5000的高锰酸钾溶液、0.5%的醋酸溶液、碳酸氢钠溶液、3%的硼酸溶液等清洗液来清洗龟头。一般用一些抗生素软膏和抗真菌的咪康唑软膏等药物局部涂抹。
在治疗龟头炎的同时，应注意保持个人的卫生，禁止过性生活，同时注意个人饮食习惯的改变。忌食一些辛辣、刺激性的食物，戒烟限酒。