颅内感染可能会引起一些后遗症。感染的部位不一样，所遗留的后遗症也不相同。
如果颅内感染对大脑皮层造成了损伤，有可能会引发癫痫。如果颅内感染对颞叶、海马等区域造成了损伤，可能会使患者出现记忆力下降、智力减退等后遗症。如果感染累及到了运动核团，会导致病变部位的对侧出现肢体运动障碍，甚至会导致肢体偏瘫的后遗症。如果颞叶、额叶等部位受累，还有可能会出现性格行为改变的后遗症。
因此，在出现颅内感染的情况后，应及时地进行治疗，避免留有一些严重的后遗症。