大部分睑板腺囊肿无明显的后遗症，也有小部分睑板腺囊肿术后存在瘢痕，要结合患者睑板腺囊肿病情轻重、干预方式、个人体质等因素来分析。
睑板腺囊肿是临床上常见的眼睑类疾病，属于无菌性慢性肉芽增生，本病预后较好。如果患者病症较轻，给予必要的眼部湿热敷以及眼药水抗炎治疗，部分囊肿能够自行消失，一般无明显的后遗症状。
如果后期囊肿较大，甚至压迫眼球，可产生暂时性的散光，在手术切除或者囊肿自行溃破后，部分患者可在结膜面留有瘢痕。