16岁月经2~3个月没来，考虑是由于以下几种因素导致：
1.考虑是正常的生理现象。16岁的女孩还处于青春期，生殖系统以及内分泌功能还没有发育成熟，所以会出现月经周期紊乱的症状。随着生殖系统以及内分泌系统发育完善，月经会逐渐规律。
2.可能是由于妊娠导致。16岁的女孩有月经来潮，说明卵巢已经有排卵功能，如果女孩过早的有性行为时有可能会怀孕，导致月经2~3个月不来。如果女孩除了2~3个月不来月经以外，没有其他不适的症状、没有性生活，一般不需要进行特殊的治疗，可以先暂时观察。
如果伴有其他不适的症状，比如恶心、呕吐等胃肠道反应，或者伴有全身乏力、低热等症状时，且有性生活的情况下，需要警惕怀孕，可以到医院进行早孕检查。