抗肝癌的药物有化学性药物以及靶向药物，临床上对于靶向药物的选择，适用于无法耐受手术治疗的肝癌患者，或者已经不能采取手术治疗的肝癌患者。
常用靶向治疗的药物有索拉非尼，目前在临床上成为治疗原发性肝癌的一线治疗药物，还有瑞格菲尼和乐法替尼。如果索拉非尼的效果不是很好，或者患者病情进展比较迅速，可以换为这两种靶向药物。
除了靶向药物的治疗，肝癌治疗常用的化学药物，有氟尿嘧啶和铂类的药物，但是肝癌对于化疗的治疗不是非常敏感，相比较效果差一些。
对于一些中晚期肝癌的治疗，可以采用我国比较传统的中医中药治疗，对肝脏癌细胞有一定的抑制作用。