川崎病只要经过及时的治疗，大部分患者都能够治愈，也有极少数的患儿可能存在复发的情况。
如果存在冠状动脉损害，可能会留有一定的后遗症，需要定期去医院随访监测。早期的川崎病主要是进行药物治疗，可以使用阿司匹林抑制局部的炎症反应，防止血栓形成。使用丙种球蛋白，降低冠状动脉瘤的出现几率。如果患儿存在冠状动脉病变，还可使用氯吡格雷防止冠状动脉血栓形成。
如果患儿出现了冠状动脉病变，经过综合评估后，可进行相应的手术治疗，比如冠状动脉血管成形术、支架植入术等。