支原体感染引起的肺炎一般会伴有咳嗽、咳痰的症状，所以在临床治疗上一般需要使用抗生素配合止咳化痰的药物治疗。
经常使用的抗生素一般有大环内酯类、喹诺酮类、四环素类药物。其中经常使用的就是大环内酯类抗生素中的阿奇霉素治疗，但是使用此种药物一定要严格按照医生的嘱咐使用。止咳化痰的药物包括氨溴索口服液、福多司坦片、羧甲司坦片、肺力咳合剂、溴己新等。
如果痰液排出困难还可以予以雾化吸入治疗，药物包括有吸入用乙酰半胱氨酸溶液、吸入用异丙托溴铵溶液、吸入用布地奈德混悬液等等。