患有脑血栓后主要是应用一些药物来改善微循环，包括口服药物和静脉用药。
常用的改善血液循环、活血化瘀的口服药主要有银杏叶滴丸、培元通脑胶囊、丹参、三七、红花、水蛭、地龙。静脉用药常用的有舒血宁、疏血通、维脑路通、川芎嗪以及丹参酮和红花等注射液。
同时要应用一些抗血小板聚集以及调脂稳定斑块的药物，有助于改善动脉粥样硬化，防止患者血小板聚集于血管壁，而达到改善微循环的作用。抗血小板聚集的药物有阿司匹林、氯吡格雷。调脂稳定斑块的药物有瑞舒伐他汀以及阿托伐他汀，和辛伐他汀等。