先天性肠闭锁的预后取决于肠道闭锁发生的部位以及诊断、治疗是否及时。先天性肠闭锁属于较为严重的胃肠道发育畸形，可以严重威胁到新生儿的生命安全。
如果出现腹痛、恶心、进食困难等情况，应早期诊断后立即手术治疗。肠闭所部位越高，预后越差。先天性肠闭锁需要进行手术治疗，手术类型取决于梗阻的性质和部位，手术可选择开腹或者腹腔镜下进行。
随着外科技术的提高，护理条件的改善，肠内营养及呼吸机的应用，肠闭锁的治疗效果逐步升高。