大便后肛门疼痛最常见的原因就是肛裂，而且便后的疼痛大多是陈旧性肛裂，或者慢性肛裂。因为急性肛裂大多是导致患者在排便时，出现肛门撕裂样的疼痛，而排便后疼痛短时间内就能缓解。
而慢性肛裂或者陈旧性肛裂，由于裂口形成慢性溃疡，患者裂口内的肛门内括约肌裸露。患者在排便后会因为内括约肌痉挛，而引发剧烈的便后疼痛症状，部分患者持续时间很久，甚至是一整天。
当然也有可能是肛门局部其他疾引发的，例如肛窦炎、肛管炎、肛周炎等，这些疾病也会因为排便时粪便的刺激，而导致排便后肛门疼痛症状。但大多疼痛症状轻微，而且持续时间也相对比较短。