首先，心源性栓塞会引起脑梗塞，称之为心源性脑栓塞。多是由于一些心脏的疾病，如冠心病、心肌梗塞、风湿性心脏病、高血压性心脏病，伴有心房纤颤的患者。
此类患者特别容易出现心脏附壁血栓的形成，附壁血栓的栓子脱落，沿动脉前行，进入到脑部动脉血管，导致堵塞，引起大脑循环出现障碍，出现脑组织的缺血、缺氧性损害，称之为心源性栓塞型脑梗塞。
心源性脑栓塞，还可见于感染性心内膜炎、先天性的心脏瓣膜病、心房粘液瘤、室间隔缺损、房间隔缺损等的患者，都有可能引起心源性的脑栓塞的发生。