复杂性肛瘘形成的原因主要是肛周出现感染引起的。引起肛周感染，通常见于肛周脓肿，由于脓肿没有及时处理，脓腔内积聚大量的脓液，脓腔压力增高后，自行破溃流出脓液，侵蚀和破坏周围的组织，逐渐向肛周蔓延，最终形成复杂性的肛瘘。
如果早期低位的肛瘘没有注意治疗，耽误了最佳的治疗时期，炎症继续蔓延向更深处的部位感染，也可形成复杂性的肛瘘。
复杂性肛瘘，需要做手术治疗，术中要找到多个内口和复杂的瘘管，完全切除干净。再静脉点滴抗生素抗感染治疗，伤口要消毒和换药，配合红外线理疗，可以治愈复杂性的肛瘘。