男性生殖器畸形分：先天性无阴茎、隐匿性阴茎和双阴茎畸形等情况。
其中先天性无阴茎畸形，是生殖结节发育不全所致，最好的治疗方法是转归为女性，手术包括睾丸切除及外阴成形等。
隐匿性阴茎畸形，多见于肥胖体型的人，治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时实施阴茎成形术，并辅以内分泌治疗，儿童应尽量在青春期前完成手术。
双阴茎畸形，是因胚胎期阴茎始基发育障碍所引起的，常合并其它畸形，如双膀胱、双直肠，以及肛门、脊柱等部位的畸形。治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧，而将另一侧切除。