流清水鼻涕、打喷嚏的原因有以下几类：
首先，常见于过敏性鼻炎。此类多因接触花粉、螨虫等过敏原时，容易诱发其急性发作，部分还可以因接触冷空气、刺激性油烟等使其急性加重。过敏性鼻炎急性加重时，其鼻腔黏膜渗出增多，可以导致出现流清水鼻涕伴有打喷嚏，有时还有鼻和嗓子瘙痒等不适。
另外，流清水鼻涕、打喷嚏还常见于病毒性感冒，特别是普通病毒性感冒。感冒多伴有上呼吸道卡他症状，而有流清水鼻涕、打喷嚏、鼻塞等症状，但感冒多有不同程度的全身不适感。
故当出现流清水鼻涕、打喷嚏时，要根据上述临床症状和其特点加以病因的鉴别。